通过容器和 Kubernetes 加快基因组测序

ccone

发布于

1655

人观看

基因组序列是计算基因组中 DNA 核苷酸或碱基的顺序——构成生物体 DNA 的 A、C、G 和 T 的序列。人类基因组由超过 30 亿个基因字母组成，因此，基因组测序项目往往十分庞大，数据处理过程通常很复杂，需要各种工具和软件。传统基于 HPC 或 VM 的平台在基因组测序计算环境通常难以胜任。 X-Turing 是中国业界领先的生物技术公司，为企业和客户（例如，医生、科学家、营养师、审美学家等）提供与生物技术相关的解决方案和服务，通过使用容器和 Kubernetes 构建完整的工作流程和完整的堆栈工具链，克服了传统基于 HPC 和 VM 的平台在基因组测序环境中面临的种种挑战。X-Turing 的 Kubernetes 平台是生产中的实时系统，提供 5000 多个基于容器的应用程序和数千个容器实例，为企业客户提供服务，例如，北京基因组研究所、中国国家基因银行、新华人寿保险以及中国许多顶尖的医院和大学。在本次演讲中，我们将讨论 X-Turing 在基因组测序项目中面临的挑战，以及他们如何利用现代技术，例如，容器和 Kubernetes，克服挑战。我们还将讨论 X-Turing IT 现代化发展的下一阶段，以便进一步提高 IT 效率，更好地满足业务需求。

展开查看详情

1 .Anni Lai, Huawei; Chao Wang, X-Turing

2 . . http://www.xturing.cn/ . • •

3 . 5 : 6 . 2 0

4 .9 20 0 1 10 80 VS. 2 8 9

5 . hd y hdKoc G n ( N iG - r u F b q g - u ( r i ( - x ts Svpl w ) e a A r ) Ko hd mT C r mu hdKo -

6 .T I T B H O 4 0/ 5 3 2 P G C - 153 1

7 . 50 5 >+ 5 5

8 .https LIMS api Machine learning Recommender Engine https pipeli ne

9 . 12 /C W . .1 D W Lac G D S 2 2 / E G C P

10 .

11 .

12 .

13 . ( S E E I ) E E / • C • • / / / ( G

14 .P KG KubeGene-CLI workflow Parser YAML 创建流程对象 exection • • • • DAG流程控制Job创建 Dag-engine Plugin Job Job

15 .

0 点赞

1 收藏

1下载